Το Πολυτεχνείο Κρήτης μεριμνά κάθε έτος για τη χορήγηση υποτροφιών σε μεταπτυχιακούς φοιτητές, οι οποίοι διακρίνονται για την επιμέλεια, τις επιδόσεις τους και την προοπτική διάκρισης.
Η Σχολή χορηγεί υποτροφίες σε μεταπτυχιακούς φοιτητές και υποψήφιους διδάκτορες που διακρίνονται για τις σπουδές τους στο πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών. Η χορήγηση γίνεται μετά από αξιολόγηση των υποψηφίων από την Σ.Ε. με βάση κριτήρια που καθορίζονται σε κάθε περίπτωση από τη Συνέλευση της Σχολής.
Επιπλέον οι μεταπτυχιακοί φοιτητές δύναται να απασχολούνται σε ερευνητικά προγράμματα μελών Δ.Ε.Π. του Πολυτεχνείου Κρήτης και να λαμβάνουν αμοιβή από αυτά ή από τη συμμετοχή τους σε επικουρική διδακτική και εργαστηριακή απασχόληση, εφόσον υπάρχουν σχετικά κονδύλια.