Η επιλογή των φοιτητών σε κάθε Ειδίκευση γίνεται από τη Συνέλευση της Σχολής μετά από εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ.. Για την επιλογή αξιολογούνται και συνεκτιμούνται τα ακόλουθα στοιχεία, όπως προκύπτουν από επικυρωμένα έγγραφα που επισυνάπτονται στην αίτηση των υποψηφίων:
1) Συνολικός βαθμός πτυχίου, αναλυτική βαθμολογία και η βαθμολογία σε μαθήματα συγγενή με το Π.Μ.Σ.
2) Συγγένεια μαθημάτων του βασικού προπτυχιακού διπλώματος με το Π.Μ.Σ.
3) Ερευνητική δραστηριότητα όπως προκύπτει από δημοσιεύσεις σε επιστημονικά συνέδρια και επιστημονικά περιοδικά καθώς και αποδεδειγμένη συμμετοχή σε χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα.
4) Συστατικές επιστολές από μέλη Δ.Ε.Π. που να σχολιάζουν ουσιαστικά και να αξιολογούν την ικανότητα του υποψηφίου ή της υποψηφίας να ανταπεξέλθει στις απαιτήσεις του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών.
5) Επαγγελματική εμπειρία σε αντικείμενα συναφή με το Π.Μ.Σ.
6) Αποδεδειγμένη γνώση της Αγγλικής γλώσσας, η οποία κατά κανόνα προκύπτει από σχετικά πιστοποιητικά (επιπέδου Β2) ή κατά περίπτωση, και σύμφωνα με την κρίση της Σ.Ε., από σπουδές σε Πανεπιστήμια με επίσημη γλώσσα την Αγγλική. Η πιστοποίηση (αν δεν υπάρχει πιστοποιητικό) είναι δυνατόν να γίνει μέσω γραπτής εξέτασης από το Κ.Ε.Γ.Ε.Π. του Πολυτεχνείου Κρήτης σε ημερομηνία προγενέστερη της αξιολόγησης των αιτήσεων.
Η αξιολόγηση των αιτήσεων και επιλογή των μεταπτυχιακών φοιτητών γίνεται κυρίως με συνεκτίμηση των παρακάτω κριτηρίων:
1. Συνολικός βαθμός πτυχίου: έως 50 μονάδες.
2. Τη βαθμολογία συγγενικών μαθημάτων με το Π.Μ.Σ.: έως 25 μονάδες.
3. Ερευνητική δραστηριότητα όπως αυτή θα προκύπτει από δημοσιεύσεις σε επιστημονικά συνέδρια και περιοδικά καθώς και αποδεδειγμένη συμμετοχή σε χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα: 15 μονάδες.
4. Διακρίσεις: 10 μονάδες
5. Συστατικές επιστολές
Η Σ.Ε., προκειμένου να διαμορφώσει την πρότασή της προς την Συνέλευση της Σχολής, μπορεί να καλεί σε συνέντευξη υποψήφιους φοιτητές.